Най-старото подробно описание на бургаския залив е направено през 1786 г. от австрийския дипломат разузнавач Венцел фон Броняр. Според него той "обхваща от Созопол до Месамбрия около 20 мили и се вдава навътре в сушата почти с толкова." За пристанището фон Броняр пише: "Неговата превъзходна търговия се състои наред с дърва и дървени въглища, жито, плодове и масло и в търговия със сол, която се добива при една долина, разположена край самия залив… Земята около цялата северна страна на залива е в по-голямата си част равна, плодородна и приятна и оттук отиват пътища през Созопол към малките крайморски селища, през Анхиало и Месамбрия, след това за Лозенград и Одрин и най-после през Айтос, през дългата 14 часа планина на изток за Варна и северно от Силистра и другите равнинни места към Дунав."
Пристанище Бургас е основано с Указ №7 на княз Феардинанд от 20 декември 1894г. Строителството започва през 1895 г., съпроводено е с много трудности в техническо отношение и се оказва, че "Кас и Ликенс" не може да построи пристанището. През 1898г. правителството възлага довършването на строителните работи на френската фирма "Сосиете дьо конструксион Батиньол". Сумата за изграждането на пристанището се увеличава на 6 742 300 златни български лева.
На 18 май 1903 г. в присъствието на княз Фердинанд бургаското пристанище тържествено е отворено за търговско корабоплаване. Малко преди това - през 1899 г. е запален белият бургаски фар - първият български пристанищен фар. При откриването си пристанището представлява басейн с 60 хектара площ, има три кейови стени с общ фронт 590 метра и дълбочина на акваторията 24 фута.
От 1963 г. на три мили южно от основния порт, в района на парк "Росенец" започна работа и терминалът эа нефт и нефтопродукти. Портът разполага с три корабни стоянки и обслужва кораби с дедуейт до 75 000 тона. Има възможности да претоварва до 18 млн тона петрол годишно.
На 5 септември 1974г. официално е открито пристанището за насипни товари.
През 1980 г влиза в експлоатация пристанище "Запад" специализирано за обработка на голямотонажни кораби, превозващи черни метали.
Пристанище Бургас продължава да се развива. В момента се реализира генералния план за развитие до 2015г. Това е една амбициозна и реалистична програма. Нейната цел е да се посрещнат предизвикателствата на новия век с един модерно оборудван порт, в който са реализирани най-новите тенденции при обслужването на товарите.
Проектът предвижда да се изградят четири нови терминала:
Терминал 1 с източен вълнолом - за генерални и течни товари. Той ще разполага с 4 корабни места с обща дължина 750 м. Годишният му капацитет ще бъде 1 млн. тона горива, химикали и генерални товари.
Терминал 2 - за насипни товари. Предназначен е за кораби с дедуейт до 120 000 тона, максимална дължина до 270 м и максимално газене до 15,5 м. Терминалът ще разполага общо с 6 корабни места с обща дължина 1 580 м. След окончателното му изграждане годишният му капацитет ще бъде около 6 млн. тона каменни въглища, руда и генерални товари.
Терминал 3 - Ро Ро и фериботен терминал. Общата дължина на корабните места ще бъде 380 метра. След окончателното му завършване годишният капацитет на терминала ще е 1 300 000 тона.
Терминал 4 - контейнерен терминал. Ще разполага с две корабни места с обща дължина 450 метра. Максималният му годишен капацитет ще бъде 150 000 TEU.
Реализацията на генералния план започна с изграждането на източния вълнолом и Терминал 2А за насипни товари. Това стана възможно благодарение на усилията на ръководството на "Пристанище Бургас" ЕАД и подкрепата на правителството на Република България. На 29 юни 1998г. бе сключен договор с Японската банка за международно сътрудничество /JBIC/, с който се отпусна кредит за проекта при много изгодни за българската държава условия в размер на 14 312 000 000 йени. Работата по проекта за развитие на "Пристанище Бургас" ЕАД стартира официално на 10 август 1999г. Строителството на обекта започна през м. юни 2001г.
Изграждането и оборудването с техника на новия Терминал 2А приключи и товарните операции започнаха на 16 ноември 2005 г.
През 2009 г стартира проекта с национално значение "Супер Бургас". Неговата цел е да отвори град Бургас с лице към морето. Да превърне пристанище Изток в модерно пътническо и яхтено пристанище непосредствено свързано с центъра и морската градина.